Neo坐着由Trinity（有圣父圣子圣灵三位一体的含义）驾驶的Logos号飞船（逻各斯在希腊语中有真理或“道”的意思），穿越封锁冲出云层，进入Matrix，以自己的身体换取人以机器的和平，救赎了世界（有耶稣殉道的意味）。
　　这个精彩的故事里面蕴含着深刻的哲学和宗教意味，也有政治的暗示。Matrix发展中形成的具有破坏力的程序Smith已经脱离了Matrix的控制，而Smith曾经是暴力统治工具，是以纯粹的权利为取向的，并具有强烈的复仇意识。这种暴力和对权力的理性又疯狂的追求具有传染性，会将所有正常的系统程序覆盖，最终使得系统为暴力、破坏力以及权力的渴望所填充。一个被暴力和对权力的追求所占据的世界是不会达成平衡的，施加暴力的终将为暴力所伤害，系统的运行面临威胁。而且Smith的这种疯狂的控制已经不满足于在Matrix中报复和战胜Neo，更通过对人的意识的控制，对现实中的Neo进行暗算。但此时的系统仍然在按计划进行对人类每隔几代例行的剿灭活动，因此人类世界zion和机器世界Matrix同时面临危机。



　　机器是人创造的，而一旦机器取得了自由意志，人类依靠自己的力量无法抵御机器的剿灭；程序是机器制造的，而一旦程序取得了自由意志，机器也无法依靠自己的力量抵御程序的破坏。各自为战，人与机器将会同归于尽。
　　人类的本性是在漫长的进化中形成的，帮助人类解决生存中的种种问题，机器是新的威胁，并不知道如何面对。但人类的那些被Smith看不起到特性——希望、信仰、爱情、牺牲、怜悯等等——在危机的时刻仍然起到了巨大的作用，虽然在力量上同机器如此悬殊，但仍然靠这些特性，用肉体抵御住了机器的第一轮攻击，赢得了时间，也为自己和Neo赢得了谈判的机会。
　　Matrix的虚拟世界已经被Smith搞得乌烟瘴气，连Oracle这种最具“源”特性的程序也不能幸免的被覆盖了。而Neo在Matrix中也并非无所不能，在双方僵持不下，甚至Neo可能失败的情况下，被Smith控制的Oracle还是她的方式给了Neo鼓励。最终，机器刺激了Neo的力量，在人和机器的共同努力下，战胜了Smith所代表的暴力、权力、恶、复仇的力量。Matrix可以重归平静，人类世界也避免了一次次被剿灭的命运。


　　结尾的地方最是意味深长，建筑师和Oracle达成了共识，决定给予Matrix中的人类以自由意志，可以选择在机器中享受虚拟的平静和快乐或者选择现实的残酷和真实。这是个基督教新教当中非常重要的命题，上帝以其全知全能当然知道亚当和夏娃可能在蛇的诱惑下会吃伊甸园中的智慧果，但上帝仍然选择在造人的时候给他们自由意志，不对他们的选择加以干涉，因为上帝认为一个有自由意志的但是同时可能带来罪恶的世界，要比一个没有罪恶但同时也没有自由意志的世界更符合他的期望。正是这种认识强化了西方文化中对自由的追求和认同，成为现代西方普世价值的核心。
　　相对来说，第一集更应该叫做“革命”，因为第一集更多的是关于人对自己所处的状态的认识。试图脱离Matrix的虚幻世界，逃出机器的控制，不做机器的粮食是最初的主题。第三集革的是机器与人的传统关系的命，但更像是对统治者的劝告，不论你所建构的体系多么完美，不论你的统治力量看上去是多么坚不可摧，你终究会面对建构体系时无法设想的危机。就像爱因斯坦所说的，“人不能在产生问题的那个层次上解决问题”，统治者同样需要不同的思维。在电影中则表现为象征理性建构的建筑师向象征感性和不可知论的Oracle的妥协。当你剥夺了人们的自由，也就剥夺了人们的创造力，也就丧失了某天依靠人们的自由意志的副产品——真理——来解决系统问题的机会。只有把自由还给个人，并尊重人类的那些同样具有工具性的感性力量，才能让机体具有永久的活力。